Ministerstwo Finansów przeprowadziło konsultacje z przedstawicielami środowisk biznesowych i doradcami podatkowymi w sprawie planowanych modyfikacji Krajowego Systemu e-Faktur. Choć proponowane rozwiązania mają charakter głównie techniczny, ich wdrożenie może realnie uprościć codzienną pracę przedsiębiorców.

Spotkanie konsultacyjne odbyło się 9 czerwca 2026 r., jednak pierwsze sygnały o planowanych zmianach resort wysłał już na początku maja.

Faktury z etykietami i kontekstem

Jedną z kluczowych nowości ma być możliwość nadawania fakturom ustrukturyzowanym dodatkowych oznaczeń biznesowych – takich jak „do zaksięgowania”, „do wyjaśnienia” czy „nie do zaksięgowania”. Planowane jest też powiązanie dokumentów z konkretnymi projektami lub kategoriami kosztów podatkowych.

Istotne jest, że dodatkowe adnotacje nie trafią do samego pliku faktury (co wymagałoby modyfikacji schematu XML), lecz będą przechowywane bezpośrednio w systemie KSeF. Skorzystają na tym zarówno użytkownicy oficjalnej Aplikacji Podatnika KSeF 2.0, jak i osoby pracujące na oprogramowaniu komercyjnym.

Tokeny zostają na dłużej

Wbrew wcześniejszym zapowiedziom ministerstwo wycofuje się z planowanego wygaszenia tokenów z końcem 2026 r. Na skutek apeli ze strony przedsiębiorców metoda ta pozostanie dostępna w 2027 r. i w latach kolejnych – a wszystko wskazuje na to, że zostanie utrzymana na stałe.

Tokeny to uproszczony sposób logowania do systemu, który – w odróżnieniu od certyfikatów KSeF – zawiera w sobie zdefiniowane uprawnienia do wystawiania faktur. Zakres tych uprawnień określa się już w momencie generowania tokenu.

Historia zmian pod kontrolą

Ministerstwo planuje również wprowadzenie rejestrowania pełnej historii modyfikacji danych na fakturach. Dziś kolejne zmiany nadpisują poprzednie, co uniemożliwia prześledzenie całego procesu. Po wdrożeniu nowych rozwiązań KSeF będzie archiwizował sekwencję kolejnych wersji, uzupełniając każdą z nich o podstawowe metadane, takie jak data wprowadzenia zmiany.

Dostęp do poszczególnych informacji będzie jednak selektywny. Oznaczenia wewnętrzne, jak np. zgłoszenie podejrzenia wyłudzenia, pozostaną widoczne wyłącznie dla podmiotu, który je dodał. Nabywcy natomiast uzyskają wgląd w powiązanie faktury z ich identyfikatorem wewnętrznym (IDWew), co szczególnie ułatwi rozliczenia w jednostkach samorządu terytorialnego oraz przedsiębiorstwach posiadających wyodrębnione oddziały.

Identyfikatory płatności – praca w toku

Konsultacje objęły także obowiązek, który zacznie obowiązywać od 1 stycznia 2027 r. Od tej daty podatnicy VAT będą zobligowani do podawania numeru KSeF faktury lub identyfikatora zbiorczego przy realizowaniu płatności poleceniem zapłaty. Problem w tym, że identyfikator zbiorczy nadal nie istnieje. MF zapewniło jednak, że jego wdrożenie jest priorytetem.

Wyższe limity zapytań

Resort potwierdził plany zwiększenia limitów zapytań do systemu, które dotychczas chroniły infrastrukturę przed przeciążeniem. Aktualnie w trybie interaktywnym wynoszą one odpowiednio 10 faktur na sekundę, 30 na minutę i 180 na godzinę, a przy pobieraniu – 8 na sekundę, 16 na minutę i 64 na godzinę. Firmy przekraczające te progi mogą składać wnioski o ich podniesienie przez formularz na stronie ksief.podatki.gov.pl/formularz.

Planowane jest umożliwienie pobierania więcej niż 10 faktur zakupowych na sekundę, a system ma automatycznie oznaczać dokumenty już pobrane przez danego przedsiębiorcę.

Łatwiejsze zgłaszanie oszustw

Od 24 kwietnia 2026 r. podejrzane faktury można zgłaszać bezpośrednio w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0 – wcześniej jedyną drogą był formularz kontaktowy. Teraz MF planuje kolejny krok: udostępnienie tej funkcji przez API systemowe, co pozwoli na zgłaszanie potencjalnych nadużyć również z poziomu zewnętrznych programów zintegrowanych z KSeF.

Co się nie zmieni

Ministerstwo definitywnie odrzuciło natomiast postulat merytorycznej weryfikacji treści faktur przez system. KSeF nadal będzie sprawdzał jedynie zgodność pliku XML ze schematem, a nie poprawność zawartych w nim danych. Oznacza to, że system przyjmie fakturę pozbawioną nazwy towaru lub zawierającą błędnie wyliczony podatek VAT.

Przedsiębiorcy zabiegali o wprowadzenie choćby podstawowej kontroli, np. sprawdzania, czy iloczyn stawki VAT i kwoty netto jest prawidłowy. Ministerstwo nie zdecydowało się jednak na takie rozwiązanie, pozostawiając weryfikację merytoryczną po stronie firm i ich działów księgowych.

APTM Doradcy Podatkowi Pankowski, Miłek

Masz pytania ? Chcesz, żebyśmy sprawdzili Twoją sytuację i pomogli z formalnościami ? Skontaktuj się z nami.

Warto skorzystać z doradztwa podatkowego – bezpłatnie dla członków DIL

W codziennej praktyce lekarskiej kwestie podatkowe często schodzą na dalszy plan, a przecież odpowiednio dobrane rozwiązania mogą znacząco wpłynąć na bezpieczeństwo finansowe i komfort pracy. Dlatego Dolnośląska Izba Lekarska we Wrocławiu oferuje swoim członkom bezpłatny dostęp do profesjonalnego doradztwa podatkowego. Z konsultacji mogą skorzystać zarówno lekarze i lekarze dentyści prowadzący własną działalność, jak i ci wykonujący zawód w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej.

Usługa dostępna jest w ramach składki członkowskiej – nie wiąże się z dodatkowymi opłatami.

Wsparcie zapewnia firma APTM Doradcy Podatkowi s.c. specjalizująca się we współpracy z przedstawicielami zawodów medycznych. Zespół tworzą doradcy podatkowi, eksperci prawni oraz specjaliści w zakresie finansów i podatków, Jeśli chcecie Państwo skorzystać z porady, czy wyjaśnić problem podatkowy związany z wykonywaniem zawodu lekarza lub lekarza dentysty, prosimy o kontakt mailowy:  podatki@dilnet.wroc.pl. Po zgłoszeniu sprawy ustalony zostanie dogodny sposób konsultacji. Odpowiedzi i konsultacje udzielane są przede wszystkim mailowo, telefonicznie lub za pośrednictwem platformy Zoom. Z konsultacji mogą skorzystać zarówno lekarze i lekarze dentyści prowadzący własną działalność gospodarczą, jak i osoby wykonujące zawód w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej, a także podmioty lecznicze o różnej formie prawnej.

Na co dzień wspieramy lekarzy i podmioty związane z ochroną zdrowia w sprawach podatkowych wymagających szczególnej ostrożności — zarówno na etapie czynności sprawdzających i kontroli, jak również w toku postępowań podatkowych oraz sporów prowadzonych przed sądami administracyjnymi.

Z praktyki wiemy, że sposób reakcji już na samym początku kontaktu z organem podatkowym może mieć istotny wpływ na dalszy przebieg sprawy, zakres obowiązków podatnika oraz poziom ryzyka podatkowego.

Dlatego, jeżeli:

• otrzymali Państwo zawiadomienie lub informację z urzędu dotyczącą czynności sprawdzających w zakresie rozliczeń podatkowych,
• w Państwa sprawie prowadzona jest kontrola podatkowa albo kontrola celno-skarbowa,
• toczy się postępowanie podatkowe,

możemy pomóc w ocenie sytuacji, uporządkowaniu dokumentów oraz przygotowaniu bezpiecznej i przemyślanej strategii dalszego działania.

Zapraszamy do kontaktu oraz krótkiej rozmowy, podczas której omówimy aktualny etap sprawy, wskażemy potencjalne obszary ryzyka i zaproponujemy możliwe kierunki działania. W wielu przypadkach już wstępna konsultacja pozwala uporządkować dalsze kroki, uniknąć pochopnych decyzji i ograniczyć ryzyka na kolejnych etapach kontaktu z organami podatkowymi.

W sprawach wymagających osobistego omówienia istnieje również możliwość umówienia spotkania stacjonarnego w siedzibie Dolnośląskiej Izby Lekarskiej przy ul. Kazimierza Wielkiego 45 we Wrocławiu w każdy poniedziałek roboczy w godzinach 11.00 – 14.00.

Spotkanie wymaga wcześniejszego umówienia M: 601 97 10 10

lub

w Kancelarii APTM ul. Legnicka 62 we Wrocławiu w dniach roboczych od poniedziałku do piątku w godzinach 09.00 – 15.00.

Spotkanie wymaga wcześniejszego umówienia M: 601 97 10 10.

Fot. na str. gł. Magnific