Usługi medyczne finansowane przez NFZ – rachunek to za mało

Podmioty lecznicze świadczące usługi w ramach kontraktu z Narodowym Funduszem Zdrowia nie mogą ograniczyć się do wystawienia rachunku, nawet jeśli sam fundusz tego nie wymaga. Taki wniosek płynie z najnowszej interpretacji indywidualnej dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, która rozstrzyga wątpliwość budzącą się na styku przepisów podatkowych i regulacji dotyczących rozliczeń ze świadczeniodawcami ochrony zdrowia.

Skąd wątpliwość

Sprawa dotyczyła spółki należącej do międzynarodowej grupy prowadzącej działalność leczniczą zarówno w ramach finansowania przez NFZ, jak i komercyjnie. Usługi opieki medycznej korzystają ze zwolnienia z VAT na podstawie ustawy o podatku od towarów i usług. Spółka stała na stanowisku, że skoro sprzedaż jest zwolniona z VAT, a NFZ nie zgłasza żądania wystawienia faktury, to wystarczające jest wystawienie rachunku – zgodnie z uprawnieniem przewidzianym w Ordynacji podatkowej.

Argumentacja spółki opierała się na trzech filarach: zwolnieniu usług z VAT, braku ustawowego obowiązku fakturowania sprzedaży zwolnionej (chyba że nabywca się tego domaga), a przede wszystkim na treści rozporządzenia ministra zdrowia w sprawie ogólnych warunków umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej. Przepis ten wprost wskazuje, że podstawą rozliczeń i płatności między świadczeniodawcą a NFZ jest rachunek – składany elektronicznie, w formacie określonym przez prezesa funduszu.

Stanowisko fiskusa: to musi być faktura

Dyrektor KIS nie podzielił argumentacji spółki. Wyjaśnił, że w świetle przepisów o VAT dokumentem potwierdzającym wykonanie czynności opodatkowanej – nawet jeśli korzysta ona ze zwolnienia – jest wyłącznie faktura. Obowiązek jej wystawienia dotyczy co do zasady wszystkich podatników VAT, zarówno czynnych, jak i zwolnionych, o ile prowadzą działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy.

Owszem, ustawa przewiduje wyjątek dla sprzedaży zwolnionej – w takim wypadku faktura nie musi być wystawiona, chyba że nabywca zgłosi takie żądanie w ciągu trzech miesięcy. Po upływie tego terminu obowiązek dokumentowania transakcji w ogóle odpada. Kluczowe jest jednak zastrzeżenie: jeśli podatnik mimo wszystko zdecyduje się wystawić jakikolwiek dokument potwierdzający sprzedaż – nawet z własnej inicjatywy – musi to być faktura. Przepisy o VAT nie przewidują sytuacji, w której czynność opodatkowaną (choćby zwolnioną) dokumentuje się rachunkiem.

Dyrektor KIS podkreślił przy tym, że przepisy szczególne dotyczące rozliczeń z NFZ, które posługują się pojęciem rachunku, nie mają tu znaczenia – nie mogą modyfikować zasad wynikających z ustawy o VAT.

Rachunek tak, ale nie zamiast faktury

Co istotne, interpretacja nie neguje istnienia rachunku jako dokumentu rozliczeniowego w relacjach z NFZ – rozporządzenie ministra zdrowia rzeczywiście się do niego odwołuje jako do podstawy płatności za świadczenia w danym okresie sprawozdawczym. Problem w tym, że rachunek ten funkcjonuje niezależnie od obowiązków podatkowych i nie zastępuje faktury wymaganej przepisami o VAT. Świadczeniodawca musi więc – obok rozliczenia z NFZ w formie rachunku – wystawić także fakturę dokumentującą tę samą czynność na gruncie podatkowym.

Faktura ustrukturyzowana, nie rachunek w KSeF

Interpretacja rozstrzyga też drugą wątpliwość: skoro faktura jest wymagana, to musi zostać wystawiona przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Dyrektor KIS zwrócił uwagę na przepis rozporządzenia, który mówi o „rachunku wystawionym przy użyciu KSeF” – dodany po to, by uwzględnić nowe obowiązki związane z wdrożeniem systemu. Zaznaczył jednak wyraźnie, że KSeF obsługuje wyłącznie faktury – nie ma technicznej ani prawnej możliwości wystawienia za jego pośrednictwem rachunku. System ten nie obejmuje żadnych innych dokumentów.

Wniosek jest więc taki: świadczeniodawcy objęci obowiązkowym KSeF, dokumentując usługi wykonane na rzecz NFZ, muszą wystawiać faktury ustrukturyzowane – niezależnie od tego, że w rozliczeniach z funduszem formalnie mowa jest o rachunku.

Co na to sam NFZ

Zapytany o tę kwestię jeszcze w lutym 2026 r. Narodowy Fundusz Zdrowia, zapewnił, że jest przygotowany do obsługi faktur w KSeF i obsługa ta przebiega bez zakłóceń. Fundusz zaprzeczył też, jakoby centrala kierowała do lekarzy jakiekolwiek zalecenia dotyczące wystawiania rachunków zamiast faktur – takiej korespondencji, jak podkreślono, nie było.

Interpretacja indywidualna dyrektora KIS z 24 czerwca 2026 r. (sygn. 0114-KDIP4-2.4012.190.2026.2.MC) porządkuje więc praktykę, która mogła budzić wątpliwości u wielu podmiotów leczniczych rozliczających się z NFZ – zwłaszcza w kontekście stopniowego obejmowania kolejnych grup podatników obowiązkowym KSeF.

APTM Doradcy Podatkowi Pankowski, Miłek

Masz pytania? Chcesz, żebyśmy sprawdzili Twoją sytuację i pomogli z formalnościami? Skontaktuj się z nami.

Warto skorzystać z doradztwa podatkowego – bezpłatnie dla członków DIL

W codziennej praktyce lekarskiej kwestie podatkowe często schodzą na dalszy plan, a przecież odpowiednio dobrane rozwiązania mogą znacząco wpłynąć na bezpieczeństwo finansowe i komfort pracy. Dlatego Dolnośląska Izba Lekarska we Wrocławiu oferuje swoim członkom bezpłatny dostęp do profesjonalnego doradztwa podatkowego. Z konsultacji mogą skorzystać zarówno lekarze i lekarze dentyści prowadzący własną działalność, jak i ci wykonujący zawód w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej.

Usługa dostępna jest w ramach składki członkowskiej – nie wiąże się z dodatkowymi opłatami.

Wsparcie zapewnia firma APTM Doradcy Podatkowi s.c. specjalizująca się we współpracy z przedstawicielami zawodów medycznych. Zespół tworzą doradcy podatkowi, eksperci prawni oraz specjaliści w zakresie finansów i podatków, Jeśli chcecie Państwo skorzystać z porady, czy wyjaśnić problem podatkowy związany z wykonywaniem zawodu lekarza lub lekarza dentysty, prosimy o kontakt mailowy:  podatki@dilnet.wroc.pl. Po zgłoszeniu sprawy ustalony zostanie dogodny sposób konsultacji. Odpowiedzi i konsultacje udzielane są przede wszystkim mailowo, telefonicznie lub za pośrednictwem platformy Zoom. Z konsultacji mogą skorzystać zarówno lekarze i lekarze dentyści prowadzący własną działalność gospodarczą, jak i osoby wykonujące zawód w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej, a także podmioty lecznicze o różnej formie prawnej.

Na co dzień wspieramy lekarzy i podmioty związane z ochroną zdrowia w sprawach podatkowych wymagających szczególnej ostrożności — zarówno na etapie czynności sprawdzających i kontroli, jak również w toku postępowań podatkowych oraz sporów prowadzonych przed sądami administracyjnymi.

Z praktyki wiemy, że sposób reakcji już na samym początku kontaktu z organem podatkowym może mieć istotny wpływ na dalszy przebieg sprawy, zakres obowiązków podatnika oraz poziom ryzyka podatkowego.

Dlatego, jeżeli:

• otrzymali Państwo zawiadomienie lub informację z urzędu dotyczącą czynności sprawdzających w zakresie rozliczeń podatkowych,
• w Państwa sprawie prowadzona jest kontrola podatkowa albo kontrola celno-skarbowa,
• toczy się postępowanie podatkowe,

możemy pomóc w ocenie sytuacji, uporządkowaniu dokumentów oraz przygotowaniu bezpiecznej i przemyślanej strategii dalszego działania.

Zapraszamy do kontaktu oraz krótkiej rozmowy, podczas której omówimy aktualny etap sprawy, wskażemy potencjalne obszary ryzyka i zaproponujemy możliwe kierunki działania. W wielu przypadkach już wstępna konsultacja pozwala uporządkować dalsze kroki, uniknąć pochopnych decyzji i ograniczyć ryzyka na kolejnych etapach kontaktu z organami podatkowymi.

W sprawach wymagających osobistego omówienia istnieje również możliwość umówienia spotkania stacjonarnego w siedzibie Dolnośląskiej Izby Lekarskiej przy ul. Kazimierza Wielkiego 45 we Wrocławiu w każdy poniedziałek roboczy w godzinach 11.00 – 14.00.

Spotkanie wymaga wcześniejszego umówienia M: 601 97 10 10

lub

w Kancelarii APTM, ul. Legnicka 62 we Wrocławiu, w dniach roboczych od poniedziałku do piątku w godzinach 09.00 – 15.00.

Spotkanie wymaga wcześniejszego umówienia M: 601 97 10 10.