Zwolnienie z KSeF – kto nie musi z niego korzystać ?  Wyjątki i sytuacje szczególne.

Ponieważ problematyka KSeF cały czas budzi coraz więcej kontrowersji, zapytań i wątpliwości postanowiliśmy raz jeszcze zaktualizować dla Państwa pewne informacje.

Krajowy System e-Faktur (KSeF) ma na celu ujednolicenie procesu wystawiania i odbierania faktur w Polsce. Jednakże, istnieją określone sytuacje i grupy podmiotów, które są zwolnione z obowiązku korzystania z tego systemu.

Jak liczyć limit 10 000 zł pozwalający na wystawianie faktur poza KSeF?

Obowiązek wystawiania faktur w KSeF będzie wprowadzany etapami. Od 1 lutego 2026 r. będą do tego zobowiązani podatnicy, których wartość sprzedaży – wraz z podatkiem – przekroczyła w 2024 r. kwotę 200 mln zł, a od 1 kwietnia 2026 r. pozostali

podatnicy. Jednak do 31 grudnia 2026 r. podatnicy zobowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych będą jeszcze mogli wystawiać faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej, jeśli wartość sprzedaży nie przekroczy limitu 10 000 zł.  

Chodzi o łączną wartość sprzedaży wraz z kwotą podatku – udokumentowaną fakturami wystawionymi w danym miesiącu – na kwotę mniejszą lub równą 10 000 zł. 

Ważne! Podatnik utraci prawo do wystawiania faktur elektronicznych oraz faktur w postaci papierowej począwszy od faktury, którą przekroczą wartość 10 000 zł. 

Jeżeli w danym miesiącu faktury nie spełnią wskazanego wyżej warunku, podatnik nie będzie mógł ponownie skorzystać z możliwości wystawiania faktur w postaci papierowej lub faktur elektronicznych.

Czy do limitu 10 000 zł należy wliczać wartość sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej udokumentowaną wyłącznie przy użyciu kasy rejestrującej, w stosunku do której nie została wystawiona faktura? 

Nie. Do limitu 10 000 zł nie wlicza się wartości sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej udokumentowanej wyłącznie przy użyciu kasy rejestrującej.  

Czy do limitu 10 000 zł należy wliczać wartość sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej, udokumentowaną tzw. fakturą konsumencką? 

Nie.  Faktury konsumenckie nie są objęte obowiązkowym KSeF.  Do limitu 10 000 zł wlicza się wyłącznie wartość tych faktur, w stosunku do których podatnik jest zobowiązany do ich wystawienia w KSeF. 

Czy do limitu 10 000 zł należy wliczać wartość faktur wystawionych przy użyciu kas rejestrujących oraz paragonów fiskalnych do 450 zł uznanych za faktury uproszczone? 

Nie, gdyż w tych przypadkach można wystawić faktury w postaci papierowej lub elektronicznej. Do limitu 10 000 zł wlicza się jedynie faktury, które obowiązkowo należy wystawić w KSeF. Dlatego do wartości sprzedaży 10 000 zł nie będzie wliczana ani wartość faktur wystawionych przy użyciu kas rejestrujących, ani wartość paragonów fiskalnych do 450 zł uznanych za faktury uproszczone. 

Czy do limitu 10 000 zł są wliczane tylko faktury, które obowiązkowo należy wystawić w KSeF (B2B), czy wlicza się wszystkie wystawione faktury? 

Do limitu 10 000 zł wlicza się jedynie faktury, które obowiązkowo należy wystawić w KSeF – tj. w stosunku do których nie istnieją żadne wyłączenia lub przepisy epizodyczne pozwalające na ich wystawienie poza KSeF.

Źródło:
Wyjaśnienia Ministerstwa Finansów 

Od 1 kwietnia 2026 r. a w rzeczywistości od 01 lutego 2026 r. – każdy lekarz, gabinet prywatny i spółka medyczna będzie musiała korzystać z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

Obowiązek ten obejmie zarówno wystawianie faktur sprzedażowych (B2B), jak i odbieranie faktur kosztowych – za prąd, leasing, media czy sprzęt medyczny.
Wystawianie faktur ustrukturyzowanych poprzez KSeF będzie obowiązkowe zarówno dla czynnych podatników VAT jak i podatników zwolnionych z VAT.

W naszym poradniku wyjaśniamy, kogo dokładnie dotyczy KSeF, jakie są wyjątki dla mikroprzedsiębiorców, oraz jak przygotować j.d.g. lub spółkę medyczną, by uniknąć problemów w 2026 roku.

W momencie wejścia w życie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) – każdy podmiot prowadzący działalność gospodarczą w ochronie zdrowia – od jednoosobowego gabinetu lekarskiego aż po dużą spółkę medyczną

będzie musiał korzystać z KSeF przynajmniej w zakresie odbioru faktur kosztowych (np. za paliwo, media, leasing czy sprzęt).

Zwolnienie z KSeF – kto nie musi z niego korzystać ?

Wyjątki i sytuacje szczególne

Krajowy System e-Faktur (KSeF) ma na celu ujednolicenie procesu wystawiania i odbierania faktur w Polsce. Jednakże, istnieją określone sytuacje i grupy podmiotów, które są zwolnione z obowiązku korzystania z tego systemu.

Poniżej przedstawiamy najważniejsze wyjątki:​

1.  Faktury wystawiane na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej (konsumentów) nie podlegają obowiązkowi przesyłania przez KSeF. W takich przypadkach faktury mogą być wystawiane w formie papierowej lub elektronicznej poza systemem KSeF.
2. Mikroprzedsiębiorcy czyli podatnicy np. prywatne małe gabinety lekarskie których łączna wartość sprzedaży (wraz z podatkiem) udokumentowana fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10.000 zł – w okresie od dnia 1 kwietnia 2026 r do 31 grudnia 2026 r. będą mogli nadal wystawiać faktury w postaci takiej jak dotychczas, czyli faktury papierowe lub elektroniczne. Oznacza to, że ta grupa podatników będzie mogła fakturować poza KSeF. Stracą jednak oni to prawo począwszy od faktury, którą przekroczony zostanie wyznaczony limit miesięczny 10.000 zł. Przekroczenie limitu oznacza również brak możliwości powrotu do fakturowania poza KSeF przez taki gabinet.
3. Kolejne odstępstwo od terminów wejścia w obligatoryjny KSeF dotyczy wystawianych na kasach fiskalnych ( w tym paragonów z NIP traktowanych jako faktury uproszczone). Faktury te do końca 2026 r. nie są objęte KSeF a zatem będą wystawiane tak jak do tej pory – poza KSeF (bez limitów). Od 01 stycznia 2027 r. nie będzie już możliwości wystawiania faktur na kasach fiskalnych.

Gabinet 1 – Lekarze świadczący usługi zwolnione z VAT – typowe usługi medyczne

Kluczowa zasada

Zwolnienie z VAT nie stanowi zwolnienia z obowiązków związanych z KSeF. O tym, czy faktura ma być wystawiona w KSeF, decyduje przede wszystkim charakter transakcji oraz status nabywcy, w szczególności to, czy mamy do czynienia ze sprzedażą B2B, czy B2C.

Co realnie się zmienia

Najistotniejsza zmiana dotyczy obszaru kosztowego. Nawet przy zwolnieniu z VAT gabinet ponosi wydatki związane z działalnością, a dokumentujące je faktury będą funkcjonować w obiegu KSeF, m.in. za media, usługi telekomunikacyjne, leasing, sprzęt,

serwis, oprogramowanie czy obsługę księgową.

Terminy

• Od 1 lutego 2026 r. należy zapewnić organizacyjnie i technicznie odbiór faktur kosztowych w KSeF.
• Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązki w zakresie wystawiania faktur w KSeF będą miały znaczenie przede wszystkim w sytuacjach, w których gabinet wystawia faktury w relacjach B2B, np. w ramach kontraktów lub świadczeń na rzecz podmiotów gospodarczych.

Najczęstszy model działalności

• Sprzedaż dominująco na rzecz pacjentów będących konsumentami oznacza, że fakturowanie B2C zasadniczo pozostaje poza obowiązkiem KSeF.
• Sporadyczne faktury wystawiane dla podmiotów gospodarczych wymagają stosowania zasad KSeF, z uwzględnieniem wyjątków i przepisów przejściowych, w tym limitu 10 000 zł, jeżeli ma on zastosowanie.

Gabinet 2 – Lekarze bez zwolnienia z VAT (VAT czynny) – m.in. medycyna estetyczna, świadczenia komercyjne, usługi dla firm

Kluczowa zasada

Status czynnego podatnika VAT sam w sobie nie przesądza o obowiązku KSeF. W praktyce jednak lekarze VAT czynni częściej realizują świadczenia w relacjach B2B, a faktury dokumentujące sprzedaż B2B co do zasady podlegają obowiązkowi wystawienia w KSeF.

Z tego powodu obowiązki KSeF są w tej grupie odczuwalne częściej i szerzej.

Co realnie się zmienia

Oprócz wdrożenia odbioru dokumentów kosztowych, konieczne jest przygotowanie procesu wystawiania faktur sprzedażowych w relacjach B2B, który w wielu przypadkach stanowi istotną część bieżącej działalności.

Terminy

• Od 1 lutego 2026 r. należy przygotować odbiór faktur kosztowych w KSeF.
• Od 1 kwietnia 2026 r. wystawianie faktur sprzedażowych w relacjach B2B powinno odbywać się zasadniczo przy użyciu KSeF, z uwzględnieniem wyjątków oraz okresu przejściowego do końca 2026 r., w tym limitu 10 000 zł, jeżeli ma on zastosowanie.

Najczęstszy model działalności

• Wysoki udział sprzedaży B2B oznacza regularne wystawianie faktur w KSeF po wejściu obowiązku.
• Sprzedaż na rzecz pacjentów będących konsumentami pozostaje poza obowiązkiem KSeF, jednak ciężar organizacyjny i tak wynika głównie z kosztów oraz sprzedaży B2B.

Co zrobić praktycznie?

1. Sprawdzić swoje oprogramowanie czy program będzie gotowy na KSeF.
2. Zalogować się do KSeF przez Profil Zaufany lub podpis kwalifikowany.
3. Nadać uprawnienia biuru rachunkowemu (jeśli prowadzisz KPiR z księgową).
4. Jeśli księgujesz sam – regularnie pobierać faktury z systemu.

Gabinet 3 – Prywatna przychodnia medyczna

Niezależnie od formy prawnej, zasadniczo od 1 lutego 2026 r. przychodnia powinna być przygotowana do odbioru faktur kosztowych przez KSeF.

Jeżeli przychodnia jest czynnym podatnikiem VAT, od 1 kwietnia 2026 r. co do zasady obejmie ją również obowiązek wystawiania faktur sprzedażowych w relacjach B2B przy użyciu KSeF.

Specyfika przychodni

• duża liczba faktur kosztowych (media, usługi zewnętrzne, zakupy sprzętu, najem),
• częsta potrzeba obsługi KSeF w oparciu o system księgowy zintegrowany z rozwiązaniami kadrowo-płacowymi i obiegiem dokumentów,
• rekomendowane wyznaczenie osoby odpowiedzialnej za bieżącą obsługę KSeF po stronie administracji albo powierzenie tej obsługi biuru rachunkowemu (wraz z ustaleniem procedur i uprawnień).

Gabinet 4 – Spółki medyczne (sp. z o.o., spółki komandytowe, spółki partnerskie)

Od 1 lutego 2026 r. spółki medyczne powinny zapewnić obsługę KSeF w zakresie odbioru faktur kosztowych.

Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązki obejmą również wystawianie faktur sprzedażowych w relacjach B2B (w szczególności u czynnych podatników VAT).

Obowiązki organizacyjne spółki

• wyznaczenie osób odpowiedzialnych za dostęp i obsługę KSeF (zarząd, wspólnicy, pełnomocnicy lub pracownicy),
• wdrożenie wewnętrznych zasad obiegu dokumentów: kto pobiera faktury, jak często, kto je weryfikuje i przekazuje do księgowości,
• w większych podmiotach (sieci przychodni, prywatne szpitale) przygotowanie integracji systemów medycznych i finansowo-księgowych z KSeF oraz zapewnienie ciągłości operacyjnej w razie nieobecności kluczowych osób.

Jakie faktury medycy odbiorą w KSeF?

• paliwo i eksploatacja samochodów (np. Orlen, BP, leasing floty),
• media (prąd, gaz, woda, internet, telefon w gabinecie/przychodni),
• zakupy sprzętu medycznego i materiałów (hurtownie medyczne, sklepy),
• leasingi, kredyty, wynajem (np. lokal, aparatura),
• usługi obce (sprzątanie, ochrona, serwis sprzętu, oprogramowanie, księgowość).

Każdy taki koszt będzie fakturowany wyłącznie w KSeF.

Jak się przygotować – wspólny schemat

1. Uzyskać dostęp do KSeF
   • przez Profil Zaufany, podpis kwalifikowany lub e-dowód,
   • w przypadku spółek – dostęp przez osoby uprawnione (zarząd, pełnomocnik) lub za pomocą pieczęci kwalifikowanej.
2. Nadać uprawnienia
   • księgowej lub pracownikowi administracyjnemu,
   • w spółkach – kilku osobom dla bezpieczeństwa.
3. Ustalić procedury
   • jak często sprawdzane są faktury w KSeF,
   • kto odpowiada za pobranie dokumentów,
   • jak faktury trafiają do księgowości.
4. Zintegrować systemy
   • gabinet lekarski może korzystać z prostego dostępu online,
   • większe przychodnie i spółki powinny wdrożyć integrację programu księgowego z KSeF.

Podsumowanie

• Lekarze indywidualni zwolnieni z VAT – od 1 lutego 2026 r. będą odbierać faktury kosztowe w KSeF, ale nie będą musieli wystawiać faktur sprzedażowych dla osób fizycznych ale będą musieli wystawiać faktury przez KSeF dla firm..
• Lekarze – VAT-owcy – od 1 lutego 2026 r. będą odbierać faktury a od 1 kwietnia 2026r wysyłać faktury do KSeF.
• Prywatne przychodnie i spółki medyczne – od 1 lutego 2026 r. będą odbierać faktury a od 1 kwietnia 2026r wysyłać faktury do KSeF.

APTM Doradcy Podatkowi Pankowski, Miłek

Masz pytania ? Chcesz, żebyśmy sprawdzili Twoją sytuację i pomogli z formalnościami ? Skontaktuj się z nami.

Doradztwo podatkowe dla członków DIL.

Dolnośląska Izba Lekarska we Wrocławiu oferuje swoim członkom bezpłatny dostęp do profesjonalnego doradztwa podatkowego. Usługa dostępna jest w ramach składki członkowskiej – nie wiąże się z dodatkowymi opłatami. Jeśli chcecie Państwo skorzystać z porady, czy wyjaśnić problem podatkowy związany z wykonywaniem zawodu lekarza lub lekarza dentysty, prosimy o kontakt mailowy:  podatki@dilnet.wroc.pl.  Ustalone zostaną szczegóły i termin konsultacji. Stacjonarnie przyjmujemy w poniedziałki od godz. 11.00 do 14.00 w siedzibie DIL przy ul. Kazimierza Wielkiego 45 lub online w dogodnym terminie i czasie (telefon lub platforma Zoom). Z konsultacji mogą skorzystać zarówno lekarze i lekarze dentyści prowadzący własną działalność, jak i ci wykonujący zawód w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej a także podmioty lecznicze o różnej osobowości prawnej.