Od 1 kwietnia 2026 r. wejdzie w życie obowiązek korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Oznacza to, że każdy podmiot prowadzący działalność gospodarczą w ochronie zdrowia – od jednoosobowego gabinetu lekarskiego aż po dużą spółkę medyczną – będzie musiał korzystać z KSeF przynajmniej w zakresie odbioru faktur kosztowych (np. za paliwo, media, leasing czy sprzęt).

Zwolnienie z KSeF – kto nie musi z niego korzystać? Wyjątki i sytuacje szczególne

Krajowy System e-Faktur (KSeF) ma na celu ujednolicenie procesu wystawiania i odbierania faktur w Polsce. Jednakże, istnieją określone sytuacje i grupy podmiotów, które są zwolnione z obowiązku korzystania z tego systemu.

Poniżej przedstawiamy najważniejsze wyjątki:​

Faktury wystawiane na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej (konsumentów) nie podlegają obowiązkowi przesyłania przez KSeF. W takich przypadkach faktury mogą być wystawiane w formie papierowej lub elektronicznej poza systemem KSeF. ​

Mikroprzedsiębiorcy czyli podatnicy np. prywatne małe gabinety lekarskie których łączna wartość sprzedaży (wraz z podatkiem) udokumentowana fakturami wystawionymi w danym miesiącu jest mniejsza lub równa 10.000 zł – w okresie od dnia 1 kwietnia 2026 r do 31 grudnia 2026 r. będą mogli nadal wystawiać faktury w postaci takiej jak dotychczas, czyli faktury papierowe lub elektroniczne. Oznacza to, że ta grupa podatników będzie mogła fakturować poza KSeF. Stracą jednak oni to prawo począwszy od faktury, którą przekroczony zostanie wyznaczony limit miesięczny 10.000 zł. Przekroczenie limitu oznacza również brak możliwości powrotu do fakturowania poza KSeF przez taki gabinet.

Kolejne odstępstwo od terminów wejścia w obligatoryjny KSeF dotyczy wystawianych na kasach fiskalnych ( w tym paragonów z NIP traktowanych jako faktury uproszczone). Faktury te do końca 2026 r. nie są objęte KSeF a zatem będą wystawiane tak jak do tej pory – poza KSeF (bez limitów). Od 01 stycznia 2027 r. nie będzie już możliwości wystawiania faktur na kasach fiskalnych.

Jednoosobowe gabinety lekarskie (działalność gospodarcza w CEIDG)

• Lekarz zwolniony z VAT (np. typowe usługi medyczne):
  • od 1 kwietnia 2026 r. nie musi wystawiać faktur w KSeF,
  • ale musi odbierać wszystkie faktury kosztowe przez KSeF – np. za prąd w gabinecie, internet, samochód służbowy, sprzęt medyczny itp.
• Lekarz VAT-owiec czynny (np. medycyna estetyczna, usługi dla firm, zabiegi komercyjne):
  • od 1 kwietnia 2026 r. będzie wystawiał wszystkie faktury w ramach B2B wyłącznie przez KSeF,
  • dodatkowo odbiera faktury kosztowe w systemie.

Co zrobić praktycznie?

1. Sprawdzić swoje oprogramowanie czy program będzie gotowy na KSeF.
2. Zalogować się do KSeF przez Profil Zaufany lub podpis kwalifikowany.
3. Nadać uprawnienia biuru rachunkowemu (jeśli prowadzisz KPiR z księgową).
4. Jeśli księgujesz sam – regularnie pobierać faktury z systemu.

2. Prywatna przychodnia medyczna

• Niezależnie od formy prawnej, od 1 kwietnia 2026 r. będzie musiała odbierać wszystkie faktury kosztowe przez KSeF.
• Jeśli są czynnymi podatnikami VAT – muszą również wystawiać faktury sprzedaży przez KSeF (B2B).

Specyfika przychodni:

• duża liczba faktur kosztowych (media, usługi zewnętrzne, zakupy sprzętu, wynajem lokalu),
• często konieczność obsługi KSeF przez dedykowany system księgowy zintegrowany z programem kadrowo-księgowym,
• wskazane jest, aby oddelegować pracownika administracyjnego do bieżącej obsługi KSeF lub całkowicie powierzyć to biuru rachunkowemu.

 Spółki medyczne (sp. z o.o., spółki komandytowe, spółki partnerskie)

• Od 1 kwietnia 2026 r. wszystkie spółki medyczne muszą korzystać z KSeF:
  • w zakresie odbioru faktur kosztowych,
  • w zakresie wystawiania faktur sprzedażowych, jeśli są czynnymi podatnikami VAT (B2B).

Obowiązki spółki:

• Zarząd lub wspólnicy muszą wyznaczyć osoby odpowiedzialne za dostęp do KSeF.
• Spółka powinna wdrożyć politykę obsługi KSeF – kto i w jaki sposób pobiera faktury, kto je przekazuje do księgowości.
• W przypadku dużych podmiotów (przychodnie sieciowe, szpitale prywatne) konieczna będzie integracja systemów medycznych i finansowych z KSeF.

Jakie faktury medycy odbiorą w KSeF?

• paliwo i eksploatacja samochodów (np. Orlen, BP, leasing floty),
• media (prąd, gaz, woda, internet, telefon w gabinecie/przychodni),
• zakupy sprzętu medycznego i materiałów (hurtownie medyczne, sklepy),
• leasingi, kredyty, wynajem (np. lokal, aparatura),
• usługi obce (sprzątanie, ochrona, serwis sprzętu, oprogramowanie, księgowość).

Każdy taki koszt będzie fakturowany wyłącznie w KSeF.

Jak się przygotować – wspólny schemat

1. Uzyskać dostęp do KSeF
   • przez Profil Zaufany, podpis kwalifikowany lub e-dowód,
   • w przypadku spółek – dostęp przez osoby uprawnione (zarząd, pełnomocnik).
2. Nadać uprawnienia
   • księgowej lub pracownikowi administracyjnemu,
   • w spółkach – kilku osobom dla bezpieczeństwa.
3. Ustalić procedury
   • jak często sprawdzane są faktury w KSeF,
   • kto odpowiada za pobranie dokumentów,
   • jak faktury trafiają do księgowości.
4. Zintegrować systemy
   • gabinet lekarski może korzystać z prostego dostępu online,
   • większe przychodnie i spółki powinny wdrożyć integrację programu księgowego z KSeF.

Podsumowanie

• Lekarze indywidualni zwolnieni z VAT – od 1 kwietnia 2026 r. będą odbierać faktury kosztowe w KSeF, ale nie będą musieli wystawiać faktur sprzedażowych dla osób fizycznych.
• Lekarze – VAT-owcy – od 1 kwietnia 2026 r. będą wystawiać (B2B)  i odbierać faktury wyłącznie przez KSeF.
• Prywatne przychodnie i spółki medyczne – od 1 kwietnia 2026 r. będą musiały w pełni korzystać z KSeF (odbiór i wystawianie faktur).

Najlepsze rozwiązanie dla podmiotów medycznych?

Nadać uprawnienia księgowym i administracji do KSeF oraz zintegrować system finansowo-księgowy z systemem medycznym, aby uniknąć ręcznego pobierania setek faktur.

APTM Doradcy Podatkowi Pankowski, Miłek

Masz pytania ? Chcesz, żebyśmy sprawdzili Twoją sytuację i pomogli z formalnościami ? Skontaktuj się z nami.

Doradztwo podatkowe dla członków DIL.
Dolnośląska Izba Lekarska we Wrocławiu oferuje swoim członkom bezpłatny dostęp do profesjonalnego doradztwa podatkowego. Usługa dostępna jest w ramach składki członkowskiej – nie wiąże się z dodatkowymi opłatami. Jeśli chcecie Państwo skorzystać z porady, czy wyjaśnić problem podatkowy związany z wykonywaniem zawodu lekarza lub lekarza dentysty, prosimy o kontakt mailowy:  podatki@dilnet.wroc.pl.  Ustalone zostaną szczegóły i termin konsultacji. Stacjonarnie przyjmujemy w poniedziałki od godz. 11.00 do 14.00 w siedzibie DIL przy ul. Kazimierza Wielkiego 45 lub online w dogodnym terminie i czasie (telefon lub platforma Zoom). Z konsultacji mogą skorzystać zarówno lekarze i lekarze dentyści prowadzący własną działalność, jak i ci wykonujący zawód w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej a także podmioty lecznicze o różnej osobowości prawnej.